در بیست و نهم مهر 1302 در خانوده ای فرهنگی در شهر تبریز متولد شد.

تحصیلات ابتدائی و دبیرستان را در مدرسه فردوسی و آمریکائیان تبریز گذراند. در سن 16 سالگی تئاتر جوانان ارامنه را پایه‌ گذاری کرد و اولین نمایش خود را با نام «سویل» با هنرمندان ارمنی مشهور آن زمان کارگردانی و اجرا کرد. پس از آن نمایش‌ های دیگری چون: دختر یهود، دادستان، دادگاه، محاکمه دنیا و اوشلینی نوشلینی را از نویسنده‌ های معروف ارمنی و خارجی کارگردانی کرد. در این میان مدتی عضو هیئت تحریریه مجله ارمنی زبان آلیک بود و مطالب ادبی و شعر نیز می نوشت.

با شروع جریان پیشه‌ وری و تشنج اوضاع آذربایجان در حدود سال 1322 همراه خانواده به تهران مهاجرت کرد. پس از آمدن به تهران برای امرار معاش در یک کارخانه چرم فروشی به عنوان کارمند و مترجم نامه‌ های اداری، مشغول به کار شد. سپس به همراه دوستانش انجمنی به نام انجمن فرهنگی ارامنه تشکیل داد که بیشتر بر روی ورزش تکیه داشت. خاچیکیان در این انجمن به کار تئاتر ادامه داد و مقاله نویسی، داستان نویسی و شعر را نیز در روزنامه آلیک و مجله آرمنوئی پی گرفت.

سپس با هدف حفظ فرهنگ جوان‌ های ارامنه به اتفاق آرمان (آرمائیس هوسپیان)، خواهرش و تنی چند از دوستانش، تئاتر ارامنه را پایه‌ گذاری کرد. اولین برنامه این تئاتر با نام «آرمینوهی» در محل تئاتر فردوسی اجرا شد. بعد از ساخت کلیسای جدید ارامنه در خیابان قوام‌ السلطنه، وی ساختمان کلیسای قدیمی را تبدیل به تئاتر کرد و نمایش‌ های زیادی از جمله پرده‌ های خاکستری، سارا و عایشه را در آنجا با بازی هنرمندان معروفی چون: آرامائیس آقامالیان، ژوزف واعظیان و آرمان اجرا کرد.

در سال 1330 پس از دیدن آگهی پذیرش بازیگری سینما دیانا، به استودیو دیانا رفت. در آنجا با خاچاطوریان و آزاریان از کارگردانان معروف آن زمان آشنا شد. بعد از چندی برای کارگردانی اولین فیلمش با آن استودیو قرارداد بست و بدین ترتیب اولین فیلم خود را با نام «بازگشت» کارگردانی کرد. در سال 1336 به دعوت مهدی میثاقیه به استودیو کاروان فیلم رفت و به اصرار مهندس بدیع، عهده دار کارگردانی فیلم معروف «شب نشینی در جهنم» شد که در زمان خود از لحاظ جلوه‌های بصری و فنی سروصدای زیادی به پا کرد. پس از موفقیت مالی فیلم شب نشینی در جهنم و متعاقب آن، افتتاح استودیو میثاقیه، خاچیکیان فیلم «فریاد نیمه شب» را کارگردانی کرد که از لحاظ تحرک و دینامیزم تحولی بزرگ در سینمای ایران ایجاد کرد.

ساموئل خاچیکیان را می‌توان پایه‌گذار ژانر دلهره و جنائی در ایران نامید به طوری که بعضی به او لقب هیچکاک سینمای ایران داده‌اند.

وی در طول سال ها فعالیت خود فیلم‌نامه های زیادی نوشت و فیلم های زیادی را کارگردانی کرد که برخی از آنها عبارت اند از: چهار راه حوادث، دختری از شیراز، خون و شرف، طوفان در شهر ما، قاصد بهشت، دیوار شیشه‌ای، ضربت، خداحافظ تهران، عصیان، عقاب ها، چاووش و بلوف.

وی در سی ام مهرماه 1380 در تهران درگذشت.