آیین ­نامه 16 ماده­ای پیشنهادی نماینده ویژه رییس­ جمهور در اداره امور مربوط به بازسازی مناطق جنگ زده، سازمان برنامه و بودجه و وزارت کشور و مصوب هیئت دولت برای اجرای تبصره 31 قانون بودجه سال 1372 کشور با اعطای مجوز تفکیک اعتبارات عمرانی بین دستگاه ­های اجرایی و طرح و پروژه شهرها و روستاهای در حال بازسازی پس از مبادله موافقت نامه با سازمان برنامه و بودجه، ذکر اسامی شهرستان ­های جنگ زده و در حال بازسازی، شرح مراحل تصویب طرح­ها، مبادله موافقت­ نامه­ ها و تخصیص اعتبارات، اعلام ضوابط پرداخت خسارات وارده به اشخاص، اقدامات لازم برای بازگشت مهاجران، شرایط واگذاری تنخواه گردان، دولتی محسوب شدن اموال و تأسیسات مورد نیاز در جریان بازسازی، ارائه حساب اعتبار به دیوان محاسبات و لزوم ارائه گزارش از عملکرد اعتبار به رئیس­ جمهور.